Le plus connu et le plus grand des espaces verts de la ville est le Golden Gate Park,
comptant plus de 70 hectares de plus que le Central Park de New York, mais qui reste moins étendu que Griffith Park à Los Angeles. Au sud du Golden Gate se trouve un autre parc célèbre, la base militaire désaffectée du Presidio. Ce dernier fait partie de la Golden Gate National Recreation Area,
qui inclut Alcatraz et de nombreux autres aires protégées. Buena Vista Park, situé dans le quartier de Haight-Ashbury, est le plus ancien jardin public de la ville, créé en 1867.
Non loin de là, Alamo Square est célèbre pour ses vues sur la ville et sa rangée de demeures victoriennes surnommées les Painted Ladies. Un important lac d'eau douce, Lake Merced, s'étend dans le sud-ouest de la ville près de l'Université d'État de San Francisco et Fort Funston. San Francisco comprend aussi de nombreuses plages publiques, notamment Baker Beach et Ocean Beach, mais celles-ci sont réputées dangereuses pour les nageurs à cause de leurs eaux froides et leurs courants qui se révèlent régulièrement fatals aux surfeurs ou baigneurs imprudents.